História GTA je úzko spojená s činnosťou sestier dominikánok v Košiciach: Činnosť sestier začala v čase, keď Košice patrili do Rakúsko-uhorskej monarchie.
V roku 1889 bol na terajšej Moyzesovej ulici v Košiciach zakúpený dom dominikánskymi laičkami, pri ktorom bola zriadená aj ľudová knižnica. V roku 1891 dominikánske laičky zriadili vo svojom dome útulok – škôlku – pre chudobné robotnícke deti (120 – 200 detí). Táto škôlka bola prvá svojho druhu v Košiciach. Po príchode sestier dominikánok z Kongregácie sv. Margity Uhorskej v roku 1903 z Köszegu sestry prevzali škôlku do svojej správy. V poslednom roku pred pádom Rakúsko-uhorskej monarchie mala košická filiálka tieto školy: materskú školu a útulok pre deti, ľudovú a meštiansku dievčenskú školu, učiteľský ústav pre učiteľky materských škôl. Všetky tieto školy boli maďarské.
Po páde monarchie a vzniku Československej republiky v roku 1924 správu kláštora i škôl prevzala česká
Kongregácia sestier dominikánok sv. Zdislavy, do ktorej patrili aj slovenské rehoľné sestry. Po majetko-právnom vysporiadaní bola českou kongregáciou otvorená materská škola, prvá trieda ľudovej školy, prvá trieda meštianskej školy, gymnázium a ústav pre učiteľky domácich náuk. V rokoch 1924 – 1938 sestry dominikánky v Košiciach zaznamenali najväčší rozmach školskej činnosti. V tomto čase sestry pre slovenské deti zriadili tieto školy: materskú školu (134 detí), ľudovú školu (251 žiačok), meštiansku školu (235 žiačok), 3 triedy začínajúceho reálneho gymnázia (134 žiačok), ústav pre vzdelávanie učiteliek domácich náuk (28 študentiek), ústav pre vzdelávanie učiteliek materských škôl (26 študentiek), verejný jednoročný obchodný kurz (56 študentiek). Kláštorné školy a ústavy spolu navštevovalo 854 žiačok a študentiek. Sestry zriadili aj internát a vyučovali hudbu a cudzie jazyky. Nakoľko učebné priestory na Moyzesovej a Zbrojničnej ulici nestačili, v roku 1936 sa uskutočnila výstavba budovy dnešného gymnázia a kostola Krista Kráľa.
Vplyvom politických udalostí počas II. sv. vojny činnosť týchto škôl, v ktorých pôsobili sestry, bola pozastavená a sestry po vypovedaní z Košíc v dôsledku vojnového územného prerozdelenia odišli do Humenného a Petrovian. Do Humenného bola prenesená aj časť škôl. V roku 1945 sa sestry vrátili do Košíc, ich pôsobenie na školách bolo na krátko obnovené. Poštátnením školských budov v roku 1948 a prevzatím učiteliek do štátnej správy zostali v ľudovej škole vyučovať len dve sestry a v materskej škole iba jedna sestra. Sestry naďalej poskytovali študentkám internát.V roku 1950 dostali sestry prepúšťacie dekréty zo školstva. Budova gymnázia bola poštátnená a jej priestory boli dané k dispozícii Vysokej lesníckej škole.
V auguste roku 1990 bolo pôsobenie sestier v Košiciach znovu obnovené. Niektoré sestry začali učiť náboženskú výchovu na štátnych školách. Na podnet členov Hnutia kresťanských pedagógov bola v roku 1991 obnovená aj činnosť gymnázia. Dňom 17.4.1991 Ministerstvo školstva SR zaradilo gymnázium do siete škôl a Kongregácia sestier dominikánok bl. Imeldy zriadila 7. júna 1991 Gymnázium sv. Tomáša Akvinského. Súčasne pri gymnáziu bol zriadený aj dievčenský internát. V školskom roku 1991/92 bol otvorený prvý, druhý a tretí ročník 4-ročného gymnázia.
V školskom roku 1996/97 sa otvorila na GTA aj 8-ročná forma štúdia a v roku 2001/02 bol otvorený jej posledný ročník. V roku 1994 bol zriadený Domov mládeže pri GTA a v školskom roku 2002/03 Kongregácia sestier dominikánok blahoslavenej Imeldy zriadila pri GTA školské stredisko záujmovej činnosti pod názvom M-centrum. V školskom roku 1999/2000 kongregácia zriadila v Košiciach Cirkevnú materskú školu bl. Imeldy. K 1.1.2007 bola zriadená Cirkevná jazyková škola sv. T. Akvinského.
